内容

目次

第1章　はじめに 1.1　対象とする読者 1.2　本書の利用方法 1.3　なぜプログラムを学ぶのか？ 1.4　基本的なプログラミングの概念 1.5　なぜPythonなのか？ 1.6　追加資料 第2章　最初の一歩 2.1　Pythonのインストール 2.2　インタラクティブモード 2.3　バッチモード 2.4　エディタを選択する 2.5　その他のツール 2.6　追加資料 2.7　おさらい 第3章　プログラミングの基礎：データ型 3.1　文字列(Strings) 3.2　リスト(List) 3.3　タプル(Tuples) 3.4　シーケンスに共通すること 3.5　辞書(Dictionaries) 3.6　Set（集合） 3.7　オブジェクトの命名 3.8　変数への値の代入とオブジェクトへの名前の束縛(Binding) 3.9　追加資料 3.10　おさらい 第4章　プログラミング：フロー制御 4.1　if-else文 4.2　for文 4.3　while文 4.4　break文：ループ処理から抜け出す 4.5　ここまでのまとめ 4.6　追加資料 4.7　おさらい 第5章　ファイルの取扱い 5.1　ファイルの読み込み 5.2　ファイルへの書き込み 5.3　CSVファイル 5.4　pickle文：変数の中身の保存と取得 5.5　JSONファイル 5.6　ファイルの取扱い：os, os.path, shutil,およびpath.pyモジュール 5.7　追加資料 5.8　おさらい 第6章　コードのモジュール化 6.1　コードのモジュール化序論 6.2　関数(Functions) 6.3　モジュール(Module)とパッケージ(Package) 6.4　追加資料 6.5　おさらい 第7章　エラー処理 7.1　エラーハンドリングの紹介 7.2　カスタマイズされた例外の作成 7.3　追加資料 7.4　おさらい 第8章　オブジェクト指向プログラミングの概要 8.1　オブジェクトパラダイムとPython 8.2　専門用語を知る 8.3　クラスの作成 8.4　継承(Inheritance) 8.5　特殊なメソッド 8.6　コードの非公開化 8.7　追加資料 8.8　おさらい 第9章　Biopythonの紹介 9.1　Biopythonとは何か？ 9.2　Biopythonのインストール 9.3　Biopythonのコンポーネント 9.4　結論 9.5　追加資料 9.6　おさらい 【II　高度なトピック】 第10章　Webアプリケーション 10.1　PythonにおけるWebプログラムの紹介 10.2　PythonでのCGI 10.3　WSGI 10.4　Pythonで動的なWebサイトを作る別の方法 10.5　スクリプトのセキュリティ 10.6　Pythonプログラムをどこでホストするか 10.7　追加資料 10.8　おさらい 第11章　XML 11.1　XMLの紹介 11.2　XMLドキュメントの構造 11.3　XML文書の中のデータにアクセスする方法 11.4　サマリー 11.5　追加資料 11.6　おさらい 第12章　Pythonとデータベース 12.1　データベースの紹介 12.2　データベースに接続する 12.3　MySQLにデータベースを作成 12.4　事前計画 12.5　SELECT：データベースへのクエリ 12.6　Pythonからデータベースへのアクセス 12.7　SQLite 12.8　NoSQLデータベース：MongoDB 12.9　追加資料 12.10　おさらい 第13章　正規表現 13.1　正規表現(REGEX)の紹介 13.2　reモジュール 13.3　バイオインフォマティクスにおける正規表現 13.4　追加資料 13.5　おさらい 第14章　Pythonでのグラフィクス 14.1　Bokehの紹介 14.2　Bokehのインストール 14.3　Bokehの使用 14.4　追加資料 【III　コメント付きPythonソースコードレシピ】 第15章　配列の一括操作 15.1　課題について 15.2　課題1：ランダム配列によるFASTAファイルの作成 15.3　課題2：FASTAファイルから空でない配列の抽出 15.4　課題3：FASTAファイルのすべてのレコードを修正 第16章　ベクターコンタミネーションフィルタのWebアプリケーション 16.1　課題について 16.2　追加資料 第17章　Primer3を用いたPCRプライマーの検索 17.1　課題について 17.2　可変領域に隣接するプライマー設計 17.3　Biopythonによる可変領域に隣接するプライマー設計 17.4　追加資料 第18章　プライマーセットの融点計算 18.1　課題について 18.2　追加資料 第19章　GenBankファイルから特定のフィールドを除く 19.1　選択されたタンパク質配列の抽出 19.2　選択した遺伝子の上流領域を抽出する 19.3　追加資料 第20章　スプライシングサイトの推定 20.1　課題について 第21章　マルチプルアライメントのためのWebサーバ 21.1　課題について 21.2　追加資料 第22章　データベースに格納されたデータを用いたマーカ位置の描画 22.1　課題について 第23章　制限のあるDNA変異 23.1　課題について 23.2　追加資料 【IV　付録】 付録A　共同開発：GitHubによるバージョン管理 付録B　PythonAnywhereにおけるBottleアプリケーションのインストール 付録C　ScientificPythonチートシート 索引