内容

目次

Chapter 1　まずはこれだけ! 解析環境を整える〜Mac+Biocondaを中心に Chapter 2　データを入手する （1）RNA-Seqの注意点〜外注時のリード数，小分子・長分子での違いなど （コラム）RNA-Seq vs マイクロアレイ （2）公共データの利用〜AOEとRefEx，SRAデータ取得，メタ解析 Chapter 3　転写産物の発現を定量する （1）リファレンスゲノムにマッピングする方法①〜HISAT2+StringTie （2）リファレンスゲノムにマッピングする方法②〜STAR+RSEM （コラム）Strand NGS〜RNA-SeqデータをGUIで解析する （3）リファレンスゲノムにマッピングしない方法〜salmon，kallisto，tximport （FAQ）RNA-Seq定量にまつわるFAQ （4）転写開始点を解析する方法〜CAGE （コラム）各種ツールの実行時間比較 Chapter 4　リファレンスゲノムのない生物でde novo解析を行う Chapter 5　発現変動遺伝子群を検出する Chapter 6　サンプル間の発現変動した遺伝子群の機能を推定する〜エンリッチメント解析 （コラム）Ingenuity Pathway Analysis〜発現プロファイルの生物学的意義をGUIで解析する （コラム）アノテーション情報とID変換〜Gene Ontology，BioMart，Spotfire Chapter 7　多数のサンプル間の類似度を比較する〜1細胞RNA-Seqの場合 （1）次元削減と可視化 （2）類似度の計算とクラスタリング （コラム）1細胞RNA-Seq解析の動向 Chapter 8　リードカウント以降の統合解析をウェブブラウザで行う〜iDEP Chapter 9　論文投稿に必須！ データを登録・公開する〜DRA，GEA （コラム）解析結果を論文発表する際にはここに気をつけよう 索引