「尊経閣古文書纂」のうち、社寺文書を中心とした古文書群で、神社が二群、仏寺が一五群、総数は八四五点である。内訳は、石清水八幡宮文書＝一三二点、加茂社文書＝一四点、仁和寺心蓮院文書＝一九点（以上、三群を「社寺文書」一として集成）、宝菩提院文書＝九九点、東福寺文書＝一九五点（以上、二群を「社寺文書」二として集成）、長福寺文書＝一四五点、大覚寺文書＝一五点、大光明寺文書＝一二点（以上、三群を「社寺文書」三として集成）、高野蓮養坊文書＝二七点、南禅寺慈聖院文書＝四八通、天龍寺真乗院文書＝一四点、天龍寺周悦関係文書＝二三点、西興寺文書＝二〇点、園城寺実相院文書＝二一点、清水寺文書＝一〇点、神護寺文書＝二一点、青蓮院文書＝二九点（以上、九群を「社寺文書」四として集成）。社寺文書の内容は、所領の安堵状や補任状が多くを占めるほか、寄進状や田地売券、祈?状など多岐にわたる。石清水八幡宮文書は、多くの別宮・社領を有した石清水八幡宮の古文書群で、所領安堵や土地相論に関する古文書が多く残り、『史料纂集古文書編　尊経閣文庫所蔵石清水文書』（八木書店）に翻刻されている。東福寺文書は、京都五山に列せられ、武家政権から庇護を受けた東福寺から流出したものの一部で、足利尊氏の自筆祈祷状などが伝わる。また、末寺や別院の運営、寺家の経営に関する古文書も残されている。例えば、宝菩提院文書は東寺の塔頭である宝菩提院の古文書だが、石山寺およびその別院とされた嘉祥寺に関する古文書も含まれている。長福寺文書は、現在の京都市右京区梅津に所在する長福寺の伝来文書で、寺院の金融資金である祠堂銭関係の古文書も残されている。さらに、天龍寺真乗院文書は、京都五山筆頭天龍寺の塔頭である真乗院の古文書だが、楠木正成らに仕えた和泉国和田氏に関係する古文書を含み、大塔宮（護良親王）の令旨や楠木正儀の書状が伝わっている。