内容

目次

第一部　生命データサイエンスの基礎体力づくり 第1章　Unix系環境の準備 1　環境構築のための計算機の準備 2　プラットフォームごとの環境の準備 第2章　データ解析に向けたUnix系環境の使い方 1　コマンドラインシェル（コマンドインタプリタ） 2　パッケージマネージャ 他 第3章　Pythonによるデータ解析の基礎 1　Pythonの起動と実行 第4章　Pythonによるデータ解析の実践 1　実践：matplotlibによるグラフの描画 2　実践：VCF形式ファイル内の変異の集計 第5章　R言語によるデータ解析の基礎と実践1 1　解析環境とRのインストール 2　パッケージのインストール 他 第6章　R言語によるデータ解析の実践2 1　実践：DEG解析 2　実践：階層的クラスタリング・ヒートマップ描画 他 第7章　スパコン利用のためのはじめの一歩 1　大規模計算機での解析 2　国内におけるスパコンについて 第二部　生命データサイエンスの実践 第1章　オミクス解析の準備 1　オミクス解析外観 2　オミクスシークエンス解析 他 第2章　ゲノム解析 1　実践：ゲノムシークエンスデータからの点変異の検出 2　その他のゲノム解析手法・ツールについて 第3章　トランスクリプトーム解析 1　実践：RNA-seqデータからの発現量算出とヒートマップ描画 第4章　エピゲノム解析 1　実践：ChIP-seqデータからのヒストン修飾のパターン解析 2　その他のエピゲノム解析手法 第5章　シングルセル解析1 1　実践：scRNA-seqデータの一次解析 2　実践：scATAC-seqデータの一次解析 ［Column］計測技術の進展とデータ量 第6章　シングルセル解析2 1　実践：scRNA-seqデータからのクラスタリングと細胞種同定 2　実践：scATAC-seqデータからのクラスタリングとcoverageプロットの作成 他 第7章　ロングリード解析 1　実践：全長cDNA-seqデータからの発現量算出と短鎖RNA-seqデータとの比較 2　実践：長鎖ゲノムシークエンスデータからの構造変異の検出 他