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目次

【目次】 序―配列からバイオロジーへ 空間オミクス解析への期待 “使う”時代がやってきた 概論 空間オミクス解析の技術レビューと機器・データ解析ツール選択ガイド ◆ 実践編 第1章 技術とプロトコール 1 空間トランスクリプトーム Visiumによる新鮮凍結／FFPE組織検体の解析 2 空間トランスクリプトーム Visium のデータ解析ツール 3 空間トランスクリプトーム ロングリードシークエンスを用いたscRNA-seqおよびVisiumの全⻑cDNA解析 4 空間トランスクリプトーム 深層学習を活用したVisium測定結果の超解像度化 5 空間トランスクリプトーム Xenium In Situ 6 空間トランスクリプトーム HybISS（Hybridization-based in situ sequencing） 7 空間トランスクリプトーム Stereo-Seq（STOmics） column ROI組織パンチングによる空間的遺伝子発現解析 column セミバルクRNA-seq 8 空間プロテオーム Hyperion Imaging Systemを用いた多重イメージングマスサイトメトリー 9 空間プロテオーム PhenoCyclerを用いた多重蛍光免疫染色 10 空間プロテオーム（空間トランスクリプトームも可能） GeoMxを用いたがん組織のマルチタンパク質発現解析 11 空間メタボローム メタボロームと時空間オミクスの融合とイメージングマス 第2章 データベース 12 バイオイメージングデータベースの現状と展望 13 遺伝子発現データベースを活用した空間・発生解析 ◆ 応用研究編 第1章 発展的空間オミクス解析 1 空間オミクス解析を補う1細胞トランスクリプトーム技術の最前線 2 空間トランスクリプトームと1細胞トランスクリプトームの統合解析 3 空間トランスクリプトームに基づく細胞間相互作用ネットワークの解析技術 4 セルオミクスによる臓器・全身の空間コンテキスト解析 5 イメージングによるオミクス状態の推定 第2章 活用例と展望 6 免疫研究と空間オミクス解析 7 空間トランスクリプトームを用いた感染症研究の芽生え 8 心臓血管疾患と空間オミクス解析 9 がん免疫研究におけるシングル細胞解析と空間解析への展開 10 精神医学研究におけるゲノム解析と空間トランスクリプトームの現状 索引